Нигматуллин начинал футбольную карьеру в казанском клубе «Электрон», где провёл три года, после чего перебрался в КАМАЗ. В 1995 году на Нигматуллина после одного из матчей со «Спартаком» обратил внимание Олег Романцев. Вскоре голкипер подписал с клубом пятилетний контракт, однако стать первым номером не сумел.
— После окончания сезона-1997 я подошёл к Романцеву и попросил отпустить меня в «Локомотив». Объяснил это желанием играть, а не прохлаждаться в запасе. Олег Иванович с пониманием отнёсся к моей просьбе. Мы пожали друг другу руки, и в следующий раз увиделись только в 2000 году в сборной, — вспоминал Нигматуллин.
Сергей Овчинников тогда переходил в «Бенфику», поэтому «Локомотиву» как раз требовался хороший вратарь. Нигматуллину хватило три года, чтобы войти в историю нашего клуба и стать лучшим голкипером чемпионата России. Руслан выиграл два Кубка страны, пять раз входил в список 33 лучших футболистов сезона и дважды признавался вратарём года в России. Кроме того, в 2001-м Нигматуллина признали лучшим спортсменом страны. Также Руслану долгое время принадлежал рекорд чемпионатов России по продолжительности сухой серии. В период с 1999 по 2000 год голкипер «железнодорожников» провёл «на ноль» 10 матчей — 941 минуту. Рекорд смогли побить только спустя 17 лет — отличился вратарь «Ростова» Никита Медведев (1034 минуты).
Самым ярким матчем в карьере Нигматуллина стала игра с «Тиролем» в квалификации Лиги чемпионов.
— После того матча я давал интервью в раздевалке, а проходящий мимо Сёмин по-отечески хлопнул по плечу. Больше ничего не сказал. Это была лучшая оценка. Тогда казалось — обычный матч, в котором поймал кураж. Хотя вся Европа смотрела ту переигровку. Но годы спустя я вставил кассету и многое понял. Бывали игры, когда выручал несколько раз. А «Тироль» весь второй тайм лупил по нашим воротам, — рассказывал Руслан.
В 2002 году Нигматуллин, который уже давно мечтал попробовать себя в Европе, перешёл в «Верону», хотя им интересовалась половина Серии А, включая «Ювентус». Об этом переходе Нигматуллин позже жалел.
— Зря ушел в «Верону». Но я так устал от неопределённости, что среагировал на первое конкретное предложение. Та история научила дорожить тем, что имеешь. И ценить отношения, которые у меня были в «Локомотиве» с Семиным и Филатовым. Я в одночасье всё разрушил. Тренер «Вероны» Альберто Малезани решил всё сам. Я подробностей не знал, но там были не совсем футбольные причины. Например, в одном из матчей Фабрицио получил травму, я вышел, сыграл 70 минут, попал в сборную тура Серии А, а в следующей игре всё равно остался на скамейке. Малезани не был заинтересован в моём переходе, а мне стоило заранее обсудить с главным тренером переход и увидеть интерес не только со стороны руководства, но и с тренерской стороны.
После возвращения из Италии Нигматуллин сменил несколько клубов, сыграл против «Локомотива» за ЦСКА в золотом матче, завершил карьеру в 2005-м, но спустя несколько лет вернулся в футбол, подписав контракт с ростовским СКА. В 2009 году Нигматуллин окончательно повесил перчатки на гвоздь.
